Облік музейних фондів – напрям фондової роботи, який закріплює певний юридичний статус (приналежність до усесвітнього, національного і тому подібного надбання, приналежність до певної форми власності, приналежність конкретній установі) за відібраними предметами, забезпечує юридичну охорону музейних зібрань і прав музею на отримання в результаті вивчення музейних предметів і колекцій наукових даних про них.
Насамперед облік визначає приналежність кожного предмету до тієї або іншої частини музейних фондів: основного фонду музейних предметів або до фонду науково-допоміжних матеріалів.

Науково-допоміжні матеріали – об'єкти, що не володіють властивостями музейних предметів, але включаються до складу фондів, оскільки необхідні при вивченні і експонуванні музейних предметів. До науково-допоміжних матеріалів відносять: відтворення музейних предметів (копії, репродукції, зліпки, моделі, муляжі, голограми, наукові реконструкції); макети, діаграми, схеми, плани, карти, таблиці, графіки. Під час вступу до музею об'єкти оформляються в спеціальній книзі обліку науково-допоміжних матеріалів.

В окремих випадках науково-допоміжні матеріали можуть переводитися в розряд музейних експонатів: при втраті оригіналів або неможливості отримання  – їх замінюють копії.

У фонді музейних предметів важливо відокремити предмети основного фонду від предметів обмінного фонду, які не відповідні профілю музею, а також ті типові предмети, які є у музею у великій кількості.

Усередині основного прийнято виділяти колекційний фонд – ядро зібрання, що включає унікальні предмети (як унікальні взагалі, так і ті, які в даному музеї є тільки в одному екземплярі) і типові (поодинці, кращому з тих, що є). У складі колекційного фонду ідентичні типові музейні предмети можуть знаходитися в декількох екземплярах, якщо мова йде про колекції прийняті музеєм як єдине ціле. Окрім колекційного фонду виділяється також і дублетний, такий, що складається здебільшого з типових предметів, проте можливе включення в нього і унікальних (у тому окремому випадку, коли в музеї є ідентичні унікальні предмети). Дублетний фонд – резерв колекційного фонду. Обмінний фонд включає ті предмети, які музей готовий передати іншим музеям, своїм філіям і т.п.

Облік предметів і колекцій – внутрішня справа музею. Колекції музею можуть формуватися за принципом спільності матеріалу: колекції скла, кераміки, тканин, рукописів і т.п., або за «персональною» ознакою: колекція певної людини, дарувальника, колекція предметів з певного археологічного пам'ятника і т.п. і складатися з різнорідних предметів.

Окрім експонування предметів і науково-допоміжних матеріалів, які належать конкретному підрозділу фондів музею, крім гарантування прав на нього облік музейних фондів вирішує проблеми подальшого використання предметів і науково-допоміжних матеріалів. Музейні предмети, об'єднані в колекції, закріплюються за конкретними співробітниками-хранителями, що несуть за їх збереження матеріальну відповідальність. Одне із завдань обліку – оформлення переміщення предметів усередині музею і поза ним, контроль за предметами, оформлення змін, що відбуваються в їх наявності, збереженні.

Облік музейних фондів проходить в три етапи. На першому етапі, практично в процесі комплектування, відбувається первинна обробка матеріалів, що поступили до музею. До вирішення фондово-закупівельної комісії або у разі ухвалення предметів на тимчасове зберігання, реставрацію і інші цілі законність перебування предмету в музеї засвідчує акт прийому або квитанція про придбання, покупці. Якщо предмет купується, то окремо слід отримати письмову згоду власника з призначеною сумою покупки, а також рахунок власника (це стосується як фізичних, так і юридичних осіб, зокрема магазинів і інших торгових підприємств). Прийом музеєм предметів з дорогоцінних металів і каменів, орденів і медалей, холодної і вогнепальної зброї регламентується, окрім загальних правил, ще і спеціальними нормативними актами. На основі позитивного вирішення фондово-закупівельної комісії (це стосується і випадків тимчасового зберігання) акт прийому підписується головним зберігачем музею, затверджується директором і скріпляється печаткою музею. Тільки після цього він стає офіційним документом і приймається до виконання.

Предмети основного і обмінного фондів реєструються разом. Вони вносяться до книги надходжень музейних предметів або до книги обліку науково-допоміжного матеріалу. Науково-допоміжні матеріали враховуються тільки на першому етапі. Крім того, у відділів природи краєзнавчих музеїв можуть бути книги обліку науково-сировинних матеріалів. Реєстрація музейних предметів в книзі надходжень здійснюється попредметно або груповим записом (якщо мова йде про колекції). Наступний крок – складання науково-уніфікованого паспорту на кожен предмет.

На другому етапі обліку фондів музейні предмети поступають у відповідний фондовий підрозділ, проходять наукову інвентаризацію, що фіксує приналежність предметів конкретному підрозділу, а також дані, отримані в процесі вивчення предмету. На цьому етапі заповнюються книги наукової інвентаризації (наукові інвентарі) – книги наукового опису музейних предметів. Вони заповнюються окремо за кожним типом джерел, предмети систематизуються по групах матеріалів і лише попредметно.

Третій етап обліку наступає тоді, коли відбувається шифрування. На самі предмети наноситься шифр конкретної групи, в яку він переданий, порядковий номер по книзі наукової інвентаризації. Нанесення шифру не повинне пошкодити предмет, тому для цього існують певні правила: шифр може наноситися як на сам предмет (наприклад на археологічні знахідки з каменя, кераміки), так і на бирку, яка кріпиться до предмету. До книг наукової інвентаризації в юридичному відношенні прирівнюються описи архівних фондів. Письмові джерела на стадії наукової інвентаризації враховуються по правилах, розроблених керівними органами Державної архівної служби.

Як і при складанні облікових книг, перед записом в інвентарні йде заповнення інвентарної картки (картки наукового опису), дублюючої його графи. Інвентарні картки, розташовані в порядку зростання, утворюють картотеку, ідентичну по своїх функціях облікової.

Для передачі предметів іншим музеям необхідно: подати клопотання музею до міністерства; отримати наказ міністра або його заступника, що вирішує дані дії; на підставі наказу скласти акт видачі з вказівкою причин, можливого використання, термінів і т.п. Якщо переміщення предмету припускає його вивіз за кордон, слід отримати дозвіл на вивіз.

У разі втрати музейних предметів (розкрадання, руйнування і тому подібне) вони можуть бути списані тільки з дозволу міністра по клопотанню музею. Дозвіл на тимчасові внутрішньомузейні видачі дає директор (про що також складається відповідний акт). Такі дії, як передача предмету або колекції на постійне зберігання з одного фондового підрозділу в інше, з науково-допоміжного фонду в основній і тому подібне, оформляється вирішенням фондово-закупівельної комісії і затверджується відповідним актом.  Періодично в музеях проводиться звірка фондів (їх переоблік з метою з'ясування відповідності раніше створеним обліковим документам). Кожен предмет, що входить до фондів, звіряється з обліковою документацією.

Після проведення обліку окремі музейні предмети і колекції поступають на зберігання, причому термін цього зберігання в ідеалі – вічність. Вирішенням завдання «як цього досягти» і займаються працівники фондів.